農業和農村經濟的健康發展是國民經濟持續、穩定和協調發展的根本保證。我國農業正受到耕地減少、水資源不足、農業生態環境日益惡化的嚴重威脅。保證21世紀我國16億人口的食物安全，任務非常艱巨。加入WTO后，既給我國農業發展帶來了機遇，也使農產品進出口貿易面臨嚴峻的挑戰。根據國家經濟和社會發展對農業領域基礎研究的重大需求，針對加入WTO后我國農業面臨的新形勢，農業領域基礎研究的工作重點是：瞄準世界農業科學研究發展的前沿，緊緊圍繞我國農業發展的重大科學問題，重點開展農業生物基因組學與農產品品質改良、農業主要病蟲害可持續控制、農業生物資源的保護和利用、農業生態環境的改善和農業資源的高效利用等方面的基礎研究，進一步增強農業科技原始創新的能力。要在實現農業增產的同時，為調整農業結構、提高農業效益、增強國際競爭能力、改善農業生態環境提供科學支撐，為確保我國農業這個國民經濟的基礎產業穩步增長做出貢獻。
    “十五”后三年重點研究方向是：
1、重要農業動植物功能基因組學研究
2、重要農業動植物品質改良及其安全問題
3、農作物病蟲害控制與農業動物重大疫病防治
4、農業生物資源的保護和利用
5、農業資源環境保護與生態系統
6、農作物水、養分、光能高效利用